Subaylıkta İlk Yılları
Şam’daki görevi Mustafa Kemal‘in ordunun ve ülkenin sorunlannı yakından görmesini sağladı. Havran ve Kuneytra’da Dürziler’e karşı düzenlenen harekete katılan Mustafa Kemal hemen hemen bütün Suriye’yi dolaştı. Bu arada, siyasal görüşlerinden ötürü Askeri Tıbbiye son sınıfından atılarak Şam’a sürgün gönderilen Mustafa Bey (Cantekin) ile birlikte Ekim 1906‘da Vatan ve Hürriyet Cemiyeti‘ni kurdu. Görevi gereği gittiği Kudüs, Hayfa ve Yafa‘da (Tel Aviv) örgütü yaymaya çalıştıysa da başarılı olamadı. Bunun üzerine gizlice Selanik‘e geçerek örgütlenme çalışmalarını burada yürütmeye başladı. Eski arkadaşlarıyla ilişki kurarak örgütün Selanik kolunu kurdu. Ancak çalışmaları haber alınarak hakkında soruşturma açılması üzerine dört ay sonra Suriye‘ye geri döndü.
Haziran 1907‘de kolağalığına (önyüzbaşı) yükseltilerek 5. Ordu genelkurmayında görevlendirildi. Bir süre sonra isteği üzerine Selanik‘teki 3. Ordu genelkurmayına atandı. O yıllarda Makedonya‘da yoğun bir siyasal hareketlilik yaşanmaktaydı. İlerici genç subaylar tarafından kurulmuş olan İttihat ve Terakki Cemiyeti‘nin ordudaki etkisi gün geçtikçe artıyordu. Selanik‘e gelen Mustafa Kemal, Vatan ve Hürriyet Cemiyeti‘ni oluşturan arkadaşlarının da İttihat ve Terakki Cemiyeti‘ne geçtiğini gördü. Önceleri Vatan ve Hürriyet Cemiyeti‘ ni geliştirmek için çalışmalara girdiyse de eski arkadaşlarının ısrarıyla 29 Ekim 1907‘de İttihat ve Terakki saflarına katıldı.
23 Temmuz 1908‘de II. Meşrutiyet ilan edilerek 1876 Anayasası (Kanun-i Esasi) yeniden uygulanmaya başladı. Bu günlerde Mustafa Kemal ile İttihat ve Terakki Cemiyeti‘nin üst yöneticileri arasında görüş ayrılıkları belirmeye başlamıştı. Hemen her yerde sözünü sakınmadan cemiyet yöneticilerini eleştirmekteydi. Ayrıca, II. Meşrutiyet‘in ilanından sonra “Hürriyet Kahramanı” ilan edilen Enver Bey ile de aralarındaki sürtüşme artıyordu. Cemiyet yöneticileri onu Selanik‘ten uzaklaştırmak amacıyla, Meşrutiyet yönetimine karşı kıpırdanmaları bastırmak bahanesiyle Trablusgarp‘a gönderdiler. Buradaki görevini tamamlayarak Selanik‘e döndüğü günlerde İstanbul‘da 31 Mart Ayaklanması patlak verdi. Bu ayaklanmayı bastırmak üzere Mahmud Şevket Paşa komutasındaki Hareket Ordusu İstanbul‘a gönderildi. Bu ordunun kurmay başkanlığına başlangıçta Mustafa Kemal atanmış, ama tam İstanbul‘a girileceği sırada bu görevden alınarak yerine Enver Bey getirilmişti.
Mustafa Kemal, İttihat ve Terakki içindeki eleştirilerini daha da sertleştirerek sürdürüyordu. Cemiyetin Eylül 1909 da toplanan II. kongresinde, askerlerin siyasetten çekilmesini ya da siyasetle uğraşacak askerlerin ordudan ayrılmasını savundu. Bu görüş bazı yandaşlar bulduysa da azınlıkta kaldı. Bunun üzerine Mustafa Kemal, İttihat ve Terakki ile bağlarını keserek kendini tümüyle askerliğe verdi. 1910 Nisan‘ında 3. Ordu‘da eğitim subayı olarak görev aldı. Önyüzbaşı Mustafa Kemal‘in bu görevde ve ordu kurmayında gösterdiği başarı herkesin ilgisini çekiyordu.
I. Dünya Savaşı‘na doğru Balkanlar patlamaya hazır barut fıçısı gibiydi. Bağımsızlıklarını isteyen Balkan halkları büyük devletlerin de kışkırtmalarıyla sürekli ayaklanmalar çıkarmaktaydı. 1910‘da Arnavutluk‘ta çıkan bir ayaklanmayı bastırma işini doğrudan Harbiye Nazırı (Savaş Bakanı) Mahmud Şevket Paşa üstlenmişti. Paşa Selanik‘ten geçerken yanına Mustafa Kemal‘i de alarak onu birliklerine kurmay başkanı yaptı. Aynı yılın sonbaharında Fransa’da Picardie‘de yapılan askeri manevralara Mustafa Kemal Osmanlı ordusunun temsilcisi olarak katıldı.
Mustafa Kemal bir süre sonra İstanbul‘da genelkurmay başkanlığında bir göreve atandı. Bu sırada İtalyanlar da Trablusgarp‘ı işgal etmek üzere saldırıya geçmişlerdi. Mustafa Kemal Mısır üzerinden zor bir yolculuk yaptıktan sonra Tobruk‘a ulaştı. Buradaki kuvvetlerin kurmaylığını üstlenerek Ocak 1912‘de yapılan Tobruk Çarpışması‘nda başarılı oldu. Daha sonra Derne‘ye geçerek buradaki kuvvetlerin komutanlığını üstlendi. Trablusgarp‘ta binbaşılığa yükselen Mustafa Kemal, Ekim 1912‘de I. Balkan Savaşı‘nın başlaması üzerine İstanbul‘a döndü.
Savaş sırasında Çanakkale Boğazı‘nın güvenliğini sağlamakla görevli kuvvetlerin Harekât Şube‘si müdürlüğüne atandı. Ardından Bolayır Kolordusu kurmay başkanlığı da kendisine verildi. Balkan Savaşları imparatorluk için bir yıkımla sonuçlandı. Balkanlar‘daki tüm topraklar yitirildiği gibi ordu da perişan bir duruma düştü.
1913 Ekim‘inde Sofya askeri ataşeliğine atanan Mustafa Kemal Mart 1914‘te yarbaylığa yükseltildi. Sofya‘daki görevi sırasında batı diplomasisinin inceliklerini gözlemledi. Buradan İstanbul‘a gönderdiği mektup ve raporlarda bir savaşın yaklaşmakta olduğunu haber veriyor, Osmanlı İmparatorluğu‘nun bu savaşa girmesinin bir felaketle sonuçlanacağından söz ediyordu. Mustafa Kemal‘e göre Osmanlılar bu savaşta tarafsız kalmalıydılar. Hele Almanya‘nın yanında savaşa girmenin felaketle sonuçlanacağını, çünkü iki cephede birden savaşmak zorunda kalacağı için Almanya‘nın yenileceğini vurguluyordu.